水箱自洁消毒器采用微电解物理消毒法对水体进行消毒。能量控制器采用循环脉冲放电控制循环释能器向水中释放能量，其原理在于经过水箱自洁消毒器处理后，水中细菌和藻类的生态环境发生变化，生存条件丧失而死亡。
任何一种生物都有其特定的生存生物场。电荷在生物体内的分布个运动，受到生物体外环境电场变化的影响，从而影响机体的生命运动。地球上的微生物一般只能适应并生存于地球表面的电场强度中，改变电场强度，可改变或影响细菌和藻类的生物代谢，如基因表达程序、酶活性等，使细菌和藻类生存环境恶化，达到杀灭细菌和藻类的目的。
细菌膜有许多通道。通过这些过道，细菌得以成长。这些通道是由单个分子复合体组成，能够让离子通过。离子通道的调节影响细菌的生命。含菌液体流过强电场，致使瞬间变化电流通过液体，在导电通路上的细胞被高速运动的电子冲击致死，达到灭菌的目的。
同时由于微电解原理，通过电化学反应，使水中溶解的氯离子、水分子产生以下强氧化性物质：次氯酸，二氧化氯，臭氧，活性氧、分子氯等。上述氧化性物质通过扩散和循环对水箱、水池中的所有水及水箱、水池内壁进行处理，破坏水中及水箱、水池内壁的细菌、藻类微生物细胞，达到消毒、灭藻、仰菌的效果。
水箱自洁消毒器结构功能：
水箱自洁消毒器由两部分组成：循环释能器和能量控制器。能量控制器采用先进的微电脑技术控制使循环释能器工作始终保持最佳状态。循环释能器由循环水泵、释能器、吸水管、布水器等组成，N型放置在水箱、水池底部中间，所附控制电缆与能量控制器相连，安装时不需破坏水箱、水池和原有管路。W型放置在水箱、水池外部，通过管道与水箱、水池上的预留管连接。
也可采用紫外线消毒法和臭氧消毒法对水质消毒。S1型—微电解消毒法；S2型—紫外线消毒法；S3型—臭氧消毒法。
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